• Muhammad ibn Khalifah Al Khalifah (tại vị:1834-1842)(phục vị:1843-1868)(tái phục vị:1869)

Năm 1842, Abdullah bin Ahmad Al Khalifa đã thành công trong cuộc bãi bỏ nền cai trị đồng nhiệm của Muhammad ibn Khalifah Al Khalifah để một mình quản lý quốc sự tại Bahrain, điều này đã chấm dứt các cuộc chiến tranh nội bộ trong việc phân chia của Khalifa cộng trị cho hai chi nhánh: Al Abdullah và Salman kéo dài suốt từ năm 1796.[1129] Năm 1843, Muhammad ibn Khalifah Al Khalifah lên ngôi lần thứ hai khi Abdullah bin Ahmad Al Khalifa tạ thế, ông trị vì đến năm 1868 thì lại bị em trai mình Ali bin Khalifa bin Salman cướp chính quyền khi rời Bahrain đến Kuwait.[1130] Người cai trị Kuwait là Abdullah al-Sabah đã can thiệp để hòa giải hai anh em, bằng viết thư cho Ali yêu cầu Ali bin Khalifa bin Salman trả lại anh trai cho quyền lực, tuy nhiên Ali bin Khalifa bin Salman không chấp nhận.[1131] Muhammad ibn Khalifah Al Khalifah đã mượn quân của Kuwait trở về tấn công Ali bin Khalifa bin Salman vào năm 1869, nhưng khi vừa giành được ngai vàng lần thứ ba thì các con trai của Abdullah bin Ahmad Al Khalifa đã quay lưng lại phản bội ông, họ tổ chức bắt giữ rồi giam cầm Muhammad ibn Khalifah Al Khalifah trong pháo đài của Abu Maher ở Bahrain cho đến chết.[1132]